El cliente principal de eMule ha sido mejorado incluyendo una versión llamada eMule Plus. La interfaz de usuario gráfica mejorada y personalizable (GUI), el servidor web que permite el control remoto del cliente y el equipo de traductores que han localizado el cliente en múltiples idiomas son algunas de las características más destacadas de eMule Plus. Además, cada versión de eMule Plus es minuciosamente probado por un equipo de evaluadores alfa para reducir errores e incidencias de los usuarios. La capacidad de ver las calificaciones y comentarios de otros usuarios para evaluar la calidad de un archivo, un mejor manejo de los archivos A4AF (solicitados desde otro archivo) y la opción de almacenar fuentes para recuperación posterior son algunas de las otras características intrigantes de eMule Plus.

Además, eMule Plus ofrece una amplia gama de opciones para mejorar la experiencia y rendimiento del usuario. Por ejemplo, hay opciones automatizadas de verificación de archivos falsos y optimizaciones específicas para procesadores SSE/MMX/AMD. Para prevenir problemas de espacio en disco o pérdida de fuentes durante la descarga, también se puede asignar todo el espacio requerido por un archivo por adelantado. Además, la disposición de las ventanas de información del cliente y el archivo ha sido mejorada y hay categorías predefinidas para clasificar los archivos por estado o tipo de medio.

Un temporizador de sesión que muestra cuánto tiempo ha estado en uso el cliente, la capacidad de ver las banderas de los países de los usuarios distantes y estadísticas específicas de cada país son algunas de las muchas características intrigantes de eMule Plus. Además, eMule Plus ofrece un aviso físico significativo para el estado de los archivos en la lista de descarga y un cliente de IRC integrado para chatear mientras se descargan archivos.

eMule Plus no contiene spyware ni adware y siempre será gratuito. En eMule Plus, la proporción de descarga es de 1:3 para las cargas más pequeñas que 4 KB/s, 1:1 para aquellas entre 4 y 10 y no hay límite de descarga cuando se carga más de 10 Kbps.

Si se conecta con un servidor y luego hace doble clic en otro, se desconectará del servidor inicial antes de intentar la conexión al siguiente.

Algunos clientes deben conectarse a través del servidor para conectarse al tuyo, lo que se conoce como un LowID. Los clientes de LowID pueden transferir archivos a través del servidor, pero es menos probable que se conecten a servidores conocidos. Digamos que actualizaste a eMule Plus y ahora tienes un LowID. Es probable que el firewall trate la versión más reciente como una aplicación completamente distinta en ese caso, lo que requiere la agregación de una regla de acceso.

La última iteración de eMule Plus, 1.2e, estuvo disponible el 18 de abril de 2009. Esto indica que han pasado más de 12 años desde la última actualización y mantenimiento por parte de los desarrolladores del software.